O ideal é que seja excluído sim. 

Após vinculado o Google Analytics ao Tag Manager e adicionado o código do Google Tag Manager na loja, o seu Google Analytics continuará funcionando juntamente com o Google Tag Manager. 

Logo o único código que deve permanecer na sua loja virtual é o do Google Tag Manager, dessa forma:

Pois como o seu Google Analytics já está vinculado ao Google Tag Manager eles ficam unidos, funcionando em conjunto.