Para editar a cor de uma variação basta seguir os passos abaixo:
No Painel Administrativo acesse Cadastros Auxiliares > Gerenciar Opções.
Localize a opção Cor e clique em Gerenciar Opções.
Na tela de edição do produto localize a cor que você deseja editar e acesse Menu de opções (três pontinhos) > Editar.
Clique no botão Cor e selecione a nova cor desejada. Após, clique em Salvar modificações.
Resultado esperado no print abaixo:
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