Sim, se o cliente tiver vários créditos disponíveis para utilização então será possível na etapa de pagamento do  checkout selecionar um ou mais créditos para realizar o pagamento pedido, inclusive pagando todo o pedido com créditos.

Quer saber mais informações sobre as regras de utilização de créditos no pedido? Preparamos um artigo Como o cliente irá utilizar um crédito no pedido?